Mit dem Tod Maria von Weilers im Jahr 1636 starb die Köngener Linie des Geschlechts der Thumb von Neuburg aus. Schon 1617 hatte sie die Herrschaft in Köngen ihrem Vetter Johann Friedrich Thumb von Neuburg (* 1579, † 1647) aus der Stettener Linie übertragen. Er war der Sohn des in Stetten wohnenden Hans Bernhard Thumb von Neuburg († 1584).

Johann Friedrich überlebte alle vier Söhne. Nur zwei sind namentlich bekannt. Der Ältere, der wie sein Vater Johann Friedrich hieß, lebte in Stuttgart und Esslingen. Er starb Anfang des Jahres 1646. Der Jüngere, Albrecht, kam 1635 in den Wirren des Krieges ums Leben.

Nach dem Tod von Johann Friedrich Thumb (dem Älteren) im Jahr 1647 übernahmen seine Enkel Friedrich Albrecht (Sohn des Albrecht) und Ludwig Friedrich (Sohn des Johann Friedrich des Jüngeren, geboren 1630) die Herrschaft in Köngen. Beide Erbteile wurden zunächst von den Vormündern, Ernst Friedrich von Nippur und Philipp Konrad von Liebenstein, verwaltet.

Bis 1627 scheint der Ort Köngen wenig von den Ereignissen des Krieges berührt worden zu sein. Der Ausbruch der Pest in diesem Jahr kann jedoch als Kriegsfolge bezeichnet werden. Im gleichen Jahr floh der Ortsadlige Johann Friedrich Thumb aus Köngen. Am 24. März hinterließ er beim Bürgermeister der Stadt Esslingen eine große Truhe mit Geld, Wertsachen und Urkunden. Erst im Februar 1634 ließ er sie wieder ins Köngener Schloss schaffen.

Nach der Schlacht bei Nördlingen (6. September 1634), bei der die protestantischen Truppen eine vernichtende Niederlage erlitten, "schwärmten die kaiserlichen Soldaten ungehindert mordend, sengend und plündernd aus und kamen dabei auch nach Köngen" (8. September 1634). Die Bevölkerung versuchte zu entkommen und wurde selbst in den Wäldern aufgestöbert und dezimiert. Viele Köngener flohen erfolglos ins Schloss oder nach Nürtingen. Informationen aus den Einträgen des Köngener Pfarrers Friedrich in das Begräbnisregister:

Das Eingreifen der Franzosen im Jahr 1635 verschlimmerte noch die Lage der Köngener Bevölkerung. Nicht nur Mord und Brand kamen im Gefolge der Soldateska, auch die Pest wurde wieder eingeschleppt. Die Bücher vermerken: "So nicht von Soldaten traktiert und beschädigt wurden, starben an der Pest 239 anno 1635."

Dieser Schreckenszeit hat sich naturgemäß auch die Sage bemächtigt. Für Köngen knüpft sie sich an zwei Sühnekreuze, die noch heute am Ortsrand (in der Nähe des Friedhofs) zu sehen sind. Eine Sagenversion berichtet, dass es einem Bauern gelungen sei, sein einziges Pferd lange vor plündernden Landsknechten versteckt zu halten. Als er Ende des Dreißigjährigen Krieges mit seinem Pferd pflügte, wollte ihm ein marodierender Soldat diesen kostbaren Besitz wegnehmen. Beide gerieten in einen erbitterten Streit, in dessen Verlauf sie sich gegenseitig so schwere Wunden zufügten, dass sie noch auf dem Kampfplatz starben. Zum Gedenken an diese Bluttat - so berichtet die Sage - wurden die beiden Sühnekreuze errichtet.